蛋白质组是基于质谱检测技术基础上探究生物体大规模蛋白质水平特征上研究，包括蛋白质的表达水平，翻译后的修饰，蛋白与蛋白相互作用等，由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生，细胞代谢等过程的整体而全面的认识。主要分为标记定量，非标记定量等。以4D-蛋白质组为例，是基于timsTOF Pro质谱仪，通过捕集离子淌度（TIMS）与同步累积连续碎裂（PASEF）扫描模式进行差异定量蛋白质组学研究。该技术核心是在传统3D分离（保留时间、质荷比、离子强度）基础上，增加肽段的碰撞截面积（CCS），实现第4维度（离子淌度）的分离检测。 4D-DIA蛋白质组学是基于timsTOF Pro离子淌度平台的DIA技术，通过数据非依赖采集-同步累积连续碎裂（diaPASEF）扫描模式进行差异定量蛋白质组学分析。将DIA技术与基于timsTOF Pro上的diaPASEF技术相结合，具有高扫描速度和高灵敏度优势的同时，外加第四维离子淌度分离，使DIA数据在采集时不牺牲窗口循环速度的同时，降低谱图复杂度和提高离子利用率，实现了蛋白质组学在覆盖深度、灵敏度、通量方面的全面性提升。

实验流程：

不同的样本分别进行蛋白样本提取，酶解，纯化，质谱测试等过程，如下图所示。

首先从不同样品中提取蛋白；其次经蛋白纯化，酶解，多肽纯化等步骤;然后样品送质谱测试；得到不同样本的质谱测试数据后，进行肽段匹配以及信号强度信息提取等等数据分析的步骤，最后得到不同样本中蛋白的表达相对量。

分析内容：