RNA和RNA相互作用参与了各种转录后的调控过程包括RNA的剪切、RNA的稳定性、RNA半衰期的调节等各种转录后调控过程。RNA Pμll Down技术针对目标基因序列设计探针把相应的RNA-RNA复合物沉淀下来，然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行高通量测序分析，可以明确目标LncRNA能够特异结合的RNA种类。

ChIRP( Chromatin Isolation by RNA Pμrification )实验是利用lncRNA ChIRP probe可用于在全基因范围内定位lncRNA的结合位点，结合高通量测序分析，可以明确目标RNA能够结合到基因组的哪些DNA区域。